Překvapivý genom karcinomu prostaty
Studie řízená americkými výzkumnými institucemi Broad Institute, Dana‑Farber Cancer Institute a Weill Cornell Medical College zkompletovala genomy sedmi různých karcinomů prostaty, což byl ještě před deseti lety prakticky neproveditelný úkol. Analýzy kompletních genomů karcinomů umožnily odhalit změny dědičné informace nádorových buněk, jež při jiných typech analýz nelze odhalit. Ukázalo se, že tyto změny jsou v nádorových buňkách prostaty četné a rozhodně nejsou náhodné.
Stávající genetický výzkum nádorových buněk se soustředil na mutace, případně inzerce, inverze a delece postihující poměrně krátké úseky DNA. Při analýzách kompletního genomu lze však postihnout i změny, při nichž mění pozici v genomu dlouhé a vnitřně významněji nenarušené sekvence. Jak řekl jeden z vedoucích pracovníků celého projektu Mark Rubin, v tomto případě nejde o sledování v tomto případě nejde o sledování jednotlivých „překlepů“ v DNA, ale o prohození celých odstavců nebo stránek..
"Největším překvapením bylo, že nádorové buňky prostaty nemají velký počet bodových mutací, ale jsou postiženy početnými a rozsáhlými přesuny bloků dědičné informace. Nikdy jsme si nemysleli, že v nádoru dochází k tolika rozsáhlým změnám, protože jsme neměli prostředky pro jejich pro jejich odhalení,“ řekl Rubin.
Důsledkem těchto rozsáhlých změn může být vznik nových, tzv. fuzních genů, v nichž se kombinují sekvence několika dříve samostatných genů. Podle fuzního genu pak může vznikat nový protein. Po přemístění na nové místo může gen ztratit regulační sekvence, což může vést k nekontrolované expresi genu nebo i úplnému potlačení jeho exprese.
Řada nádorů prostaty má v důsledku přeuspořádání genomu narušeny funkce genu CADM2, známého jako nádorový supresor. Podobně byly postiženy v karcinomech prostaty i supresorové geny PTEN a MAGI2. Překvapením byly změny v expresi genů pro heat‑shock proteiny. V klinických zkouškách jsou již léky, které jsou cíleny právě na tuto skupinu proteinů, ale zatím není jasné, jaká bude účinnost těchto léků na nádorové buňky prostaty.
Místa, kde dochází v nádorových buňkách prostaty ke zlomům DNA a k integraci sekvencí, se v některých nádorech nacházejí častěji v inaktivních oblastech genomu, zatímco v jiných karcinomech jsou naopak soustředěny do aktivních oblastí genomu. To zjevně souvisí s tím, zda je v novém místě gen inaktivován, nebo naopak aktivován. Nové poznatky z genomiky karcinomu prostaty najdou uplatnění v patologii nádorů, kde je lze využít pro stanovení prognózy.
Dnes se onkologové při diagnóze karcinomu prostaty potýkají s problémem, jak určit vývoj nádoru v nejbližším období a jakou v závislosti na tom zvolit léčbu. Mark Rubin předpokládá, že další výzkum genomu nádorových buněk prostaty povede k individualizované diagnostice především u pacientů s rekurentními nádory, u nichž bude možné sledovat nové komplexní změny v genomu nádorových buněk.
Zdroj: Medical Tribune