Nová platforma zlepšuje diagnostiku dědičných krvácivých chorob
Genetické studie zvyšují diagnostickou přesnost pro mnohá hemoragická onemocnění a poruchy srážlivosti, jako je například hemofilie, von Willebrandova choroba, defekty krevních destiček a žilní tromboembolismus.
Ale i když celý genom nebo předspecifikované oblasti genomu již byly osekvenovány, klinický význam mutací objevených během sekvenování byl často nejasný. S výjimkou hemofilie a von Willebrandovy choroby je molekulární analýza pro pacienty s krvácivou poruchou často nedostupná. Mnoho testů poskytuje pouze putativní výsledky. To způsobuje potíže v diagnostice, což ztěžuje léčbu i identifikaci postižených příbuzných.
Mezinárodní tým expertů v čele s I. Simeonim z University of Cambridge proto sestavil vysoce výkonnou sekvenční platformu (ThromboGenomics) a vyhodnotil její přesnost v detekci kauzálních variant u 63 známých genů spojených s krvácivými poruchami. Multidisciplinární tým prověřil fenotypy pacientů a výsledky sekvenování a deklaroval, zda zkoumané varianty jsou patogenní. Sekvenování 159 vzorků od 61 pacientů s prokázaným hemoragickým onemocněním zrekapitulovalo všechny dříve zjištěné kauzální varianty a vedlo k molekulární diagnostice v 56 případech. Platforma identifikovala 44 jednonukleotidových variant, třináct inzercí a delecí, jednu duplikaci; 28 ze zjištěných variant bylo zcela nových.
Sekvenování 137 vzorků od 76 pacientů bez předem známých kauzálních variant však vedlo k molekulární diagnostice pouze v osmi případech, což naznačuje, že potenciálně informativní geny nebyly sekvenovány.
Celkově platforma identifikovala 204 různých patogenních variant s vynikající reprodukovatelností. Limitace spočívala v neschopnosti platformy identifikovat inverze, které se vyskytují u 45 procent pacientů s těžkou hemofilií; před zahájením sekvenování by se tak měla provést detekce inverze pomocí alternativní metody, jako je například polymerázová řetězová reakce, aby vzorky s inverzí mohly být ze sekvenování vyloučeny.
„Tato genetická analýza je schopna rozlišit mezi různými formami hereditární poruchy funkce krevních destiček a jiných hemostatických poruch,“ uvedl v komentáři pro NEJM Watch onkolog a hematolog David Green z Northwestern University. Podle něj tato vysoce výkonná platforma provádí hloubkové sekvenování schopné detekovat nové varianty a dosáhnout molekulární diagnózy.
Zdroj: Simeoni I et al. A high‑throughput sequencing test for diagnosing inherited bleeding, thrombotic, and platelet disorders. Blood. 2016 Jun 9;127:2791 (http://dx.doi.org/10.1182/blood‑2015‑12‑688267